窝阔台命搠里蛮领所部军队镇戍波斯,并设置了管辖阿姆河以西波斯各省的行政机构。1251年蒙哥即位后,置阿姆河等处行尚书省,以阿儿浑为行省长官,设治于呼罗珊的图斯城(今伊朗马什哈德附近)。
蒙古军队在1219年-1221年间侵略并摧毁花剌子模沙王朝后,一直没有所谓的民政机构,而是由将军在阿塞拜疆的木干草原以及大不里士一带统治。先是绰儿马罕,后是拜住,野里知吉带,到维吾尔人阔里吉思与卫拉特人阿儿浑阿加,才真正有民政机构。
1252年,蒙哥遣同母弟分镇波斯,统兵侵略尚未降服的国家,以搠里蛮军和出征怯失迷儿(克什米尔)等处的蒙古军并隶旭烈兀,又命诸王各从所属军队中签十分之二随从出征。1256年,旭烈兀军攻灭并盘踞马拶答尔(今伊朗马赞德兰省)诸山城的"木剌夷国"(伊斯兰教亦思马因派势力。其它伊斯兰教徒称他们为mu1ida,意即"异端者")。
1258年攻陷巴格达,杀末代哈里(kha1ifat,伊斯兰教主的称号),灭黑衣大食(阿拉伯帝国阿拔斯王朝)。
1259年,分兵三路,入侵叙利亚。次年春,旭烈兀得知蒙哥崩于四川,于是留先锋怯的不花继续征进,自率其余军队退回波斯。九月,怯的不花军在阿音札鲁特被密斯儿(埃及)苏丹忽秃思军击溃,蒙古所占叙利亚诸城尽失。
旭烈兀回波斯后,获悉忽必烈已经即大汗位,并与幼弟阿里不哥生了汗位之争,遂不再东返蒙古。他向争位双方派出使者,表示拥护忽必烈为大汗,指责阿里不哥。元世祖忽必烈遣使传旨,将阿姆河以西直到埃及边境的波斯国土和该地蒙古、阿拉伯军民划归旭烈兀统治。于是,原由大汗政府直接管辖的波斯地区,实际上成为旭烈兀的领地,从而建立了又一个王朝。其领土东起阿姆河和印度河,西面包有小亚细亚大部分地区,南抵波斯湾,北至高加索山。旭烈兀以蔑剌哈(今伊朗东阿塞拜疆省马腊格)为都,设宰相以掌管全国政务,任命了各省长官,命长子阿八哈领汗国东部呼罗珊等省地。
1262年,钦察汗国别儿哥汗为争夺旭烈兀控制下的阿塞拜疆地区,兵来攻,双方激战两年多。别儿哥虽然退回,但此后两蒙古汗国经常为领土争端生冲突。
1265年旭烈兀崩,诸王、大臣奉阿八哈嗣位。阿八哈以未得大汗许可,只权摄国政,同时遣使报丧,于是忽必烈派使者持诏立他为汗。现存1279年阿八哈颁的一张敕令上,盖有汉字"辅国安民之宝"方印,当是忽必烈颁赐给他的王印。
阿八哈即位后,向全国各地委派了官吏,命志费尼继续担任宰相职务,阿儿浑·阿全主管各地包税制;规定凡旭烈兀制定的一切法律和他所颁布的各种诏令,都要坚决遵守和履行,严禁更改歪曲。阿八哈还击败了来自察合台汗国八剌及来自钦察(金帐)汗国忙哥帖木儿的侵扰,使政权得到进一步巩固。
阿八哈即位后,始定都于大不里士,以蔑剌哈为陪都。忽必烈大举入侵宋朝,征工匠于阿八哈,回回炮手阿老瓦丁、亦思马因等入京应命,回回炮技术因而传入中国。
1282年阿八哈崩,弟贴古迭儿(又名阿合马)继立。1284年,阿八哈子阿鲁浑声言其父尝受大汗册命,汗位应当属己,于是在权臣不花支持下起兵推翻其叔,并遣使入元奏报。
忽必烈命他继承汗位,并授不花为丞相。在此之前,忽必烈遣孛罗丞相等出使伊利汗国。
1284年孛罗到达。孛罗在元朝历任要职,学识丰富,阿鲁浑将他留在汗廷参议政事。阿八哈、阿鲁浑父子为夺取叙利亚之地,采取与欧洲基督教国家结盟的政策,和拜占庭帝国结亲,并遣使赴罗马教廷及英、法等国,建立了友好关系。
1291年阿鲁浑卒,弟海合都(又名亦邻真朵儿只)继立。海合都挥霍无度,国库空虚,于是仿效元朝钞法,在孛罗丞相指导下印造行交钞(见钞),但行用未久即废。
1295年权臣谋杀海合都,奉诸王拜都为汗,阿鲁浑之子合赞起兵讨灭叛者,夺取汗位。合赞为取得当地封建主和伊斯兰教众的支持,改信伊斯兰教,并定为国教。他的即位和改变宗教信仰,都得到元成宗铁穆耳的承认。1298年,合赞遣使入元朝,贡珠宝等物。蒙哥时,曾以彰德路为旭烈兀分地,这时,成宗即将旭烈兀分地历年应得岁赋赐合赞。现存13o2年合赞致法国国王信上,钤用汉字"王府定国理民之宝"方印,当是元朝新颁给伊利汗的王印。
合赞即位后,大力进行社会改革,制定新的土地、赋税、驿站、货币等制度,限制蒙古贵族、将校和官吏对人民的横征暴敛,使农业、工商业得到展,财政收入增加。他还鼓励展科学文化,在都兴建天文台,设立学校,命宰相拉施德丁编纂《史集》。合赞通晓多种语言,对天文、医学和许多工艺都颇有知识,尤精通历史,被誉为贤君。他与埃及的马木路克王朝为争夺叙利亚多次生战争,察合台汗国的笃哇汗乘机攻占伊利汗国东部的吐火罗(今阿富汗斯坦东北部)之地。除此之外,他同英国、法国和罗马教廷建立了使节来往关系。
蒙古帝国内部的纷争和战争,使许多蒙古青年被沦为当地阿拉伯人的奴仆,大大降低了蒙古军队在人们心中的威望。为此,合赞汗下令,凡是被卖出的蒙古族青年,必须用现金赎回,以为汗王效力。这样,在两年之内赎回了近1万人,组成御林军,派孛罗丞相担任万夫长。
合赞统治时期,是伊利汗国的最强盛时期。
13o4年合赞崩,弟合儿班答继立,号完者都汗,迁都于新建的苏丹尼耶。合儿班答遵循其兄政策,仍用拉施德丁为宰相,继续展经济、文化。拉希德丁除完成《史集》巨着外,还编纂了一部《伊利汗的中国科学宝藏》,介绍中国历代的医学成就。这时,元成宗与笃哇、察八儿达成和议,蒙古皇室的内争暂停,东西驿路畅通,伊利汗国和元朝的使节往来更加频繁。